まずはezパッケージをインストールしておく．

データの読み込み．Excelなんかでデータを成形しておき，読み込む．

データは以下の通り．同一被験者で2つの要因について組み合わせて実験を行った，という設定のデータである． subjectsは被験者，factor1と2が要因，valueが値．

twoway<-read.delim("clipboard")
twoway
   subjects factor1 factor2 value
1         a       A       N  4.15
2         b       A       N  4.08
3         c       A       N  3.83
4         d       A       N  4.75
5         e       A       N  4.44
6         f       A       N  4.55
7         g       A       N  4.23
8         h       A       N  4.10
9         i       A       N  3.98

<中略>

82        g       C       F  4.60
83        h       C       F  4.09
84        i       C       F  4.16
85        j       C       F  4.79
86        k       C       F  3.98
87        l       C       F  4.31
88        m       C       F  4.32
89        n       C       F  4.08
90        o       C       F  4.70


次にezパッケージを読み込み，オプションの設定もしておく．
オプションについての説明は難しいので割愛．とりあえず以下のようにする．

library(ez)
Warning message:
 パッケージ ‘ez’ はバージョン 3.2.2 の R の下で造られました  
options(contrasts=c("contr.sum", "contr.poly"))


これで準備万端．いよいよ解析．
下記のように記述する．dataはデータ名，dvは値，widは被験者，withinは要因，typeは平方和のタイプを入力する（通常は3にしておく）．


ezANOVA(data=twoway, dv=.(value), wid=.(subjects), within=.(factor1,factor2), type=3)
$ANOVA
           Effect DFn DFd          F            p p<.05         ges
2         factor1   2  28  0.7893632 0.4639806381       0.006701874
3         factor2   1  14 21.5207970 0.0003829588     * 0.074006378
4 factor1:factor2   2  28  0.6874328 0.5111519169       0.002172554

$Mauchly's Test for Sphericity 
           Effect         W          p p<.05
2         factor1 0.6954116 0.09431322      
4 factor1:factor2 0.4976128 0.01071014     *

$Sphericity Corrections 
           Effect       GGe     p[GG] p[GG]<.05       HFe     p[HF] p[HF]<.05
2         factor1 0.7665253 0.4356804           0.8420568 0.4457276          
4 factor1:factor2 0.6656074 0.4580480           0.7091533 0.4662882          


今回はfactor2だけに主効果が出た感じ．これまではcarパッケージを用いていたが，それよりも簡単．球面性の検定と自由度調整法の結果も表示してくれる．こりゃ楽だ．
余談だが，交互作用がでたら，単純主効果の検定や交互作用対比の検定を模索する．つまり，片方の要因の一水準ごとに一元配置分散分析を行ったりする．
因みに一元配置ならば,withinの中を一つにすれば良い．一応例は下記の通り．

oneway<-read.delim("clipboard")
head(oneway)
  subjects factor1 value
1        a       A  4.15
2        b       A  4.08
3        c       A  3.83
4        d       A  4.75
5        e       A  4.44
6        f       A  4.55
ezANOVA(data=twoway, dv=.(value), wid=.(subjects), within=.(factor1), type=3)
Warning: Collapsing data to cell means. IF  the requested effects are a subset of the full design, you must use the "within_full" argument, else results may be inaccurate.
$ANOVA
   Effect DFn DFd         F         p p<.05         ges
2 factor1   2  28 0.7893632 0.4639806       0.007411015

$Mauchly's Test for Sphericity 
   Effect         W          p p<.05
2 factor1 0.6954116 0.09431322      

$Sphericity Corrections 
   Effect       GGe     p[GG] p[GG]<.05       HFe     p[HF] p[HF]<.05
2 factor1 0.7665253 0.4356804           0.8420568 0.4457276